ארגון נכון של מבנה הקבצים בדיזיין סיסטם חיוני לניהול יעיל ולתחזוקה נוחה של היסודות ושל הקומפוננטות. מבנה קבצים יכול להשתנות מחברה לחברה כתלות בצרכים השונים שעליהם אמור הדיזיין סיסטם לענות – אין פתרון אחד שמתאים לכולם.
מבנה נכון אמור לענות על הצרכים הבאים:
- גישה נוחה ומהירה – מבנה שמאפשר לכל אחד למצוא את מה שהוא צריך במהירות
- מינימום כפילויות – מבנה מסודר שמונע יצירה לא מכוונת של טוקנים או קומפוננטות כפולים
- תחזוקה פשוטה ככל האפשר – קל לעדכון והרחבה בעת הצורך
- שיפור התקשורת ושת"פ בין עיצוב לפיתוח – מבנה שתומך כמה שיותר במה שממומש בפועל והופך תהליכי הטמעה למהירים ומדויקים יותר

כדי לענות על כל זה, חשוב לארגן את הקומפוננטות בצורה מסודרת וברורה בתוך הדיזיין סיסטם. מומלץ שכל קומפוננטה תשב בדף (page) משלה, לצד הדוקומנטציה הרלוונטית אליה. כדאי לסדר את הדפים לפי סדר אלפביתי (A-Z), כך שהמשתמשים יוכלו לסרוק ולמצוא בקלות את מה שהם מחפשים. גישה זו מבטיחה גישה מהירה לכל קומפוננטה ומקלה על תחזוקה לאורך זמן ועל הוספת קומפוננטות חדשות.



במקרים של מערכות מרובות מוצרים, פלטפורמות שונות, white label, או מבנים מורכבים אחרים, מומלץ לנתח את הצרכים של כל מערכת ופלטפורמה בנפרד ולקבוע מבנה שיענה על מירב הצרכים הנוכחיים והצפויים בעתיד.